Anna, de 12 anos, vive em Sapporo (Japão) com os pais adoptivos. A relação entre os três é distante, o que faz de Anna uma menina insegura e muito introvertida. Um dia, por razões de saúde, é enviada para passar o Verão numa pequena aldeia perto da praia, em casa de uns parentes. Lá, durante um dos seus passeios solitários, descobre uma mansão aparentemente abandonada, mas estranhamente familiar, onde vive uma rapariga da sua idade chamada Marnie. Ao conhecerem-se, um elo inexplicável surge entre elas e Marnie acaba por se tornar a sua primeira grande amiga. Mas a descoberta desta amizade vai trazer revelações que transformarão a vida de Anna para sempre...