Die Handlung der dritten Staffel von Falling Skies setzt sieben Monate nach dem Eintreffen der 2nd Mass in Charleston ein. Tom ist nun der Anführer des Widerstands und will sich mit den Alienrebellen verbünden, was in den eigenen Reihen für Unruhe sorgt. Zudem verfolgen Tom schlimme Albträume, die er nicht richtig einordnen kann. Der Wissenschaftler Roger Kadar soll dafür sorgen, dass die Energieversorgung der Außerirdischen unterbrochen wird. Anne vermutet, dass mit ihrem Baby etwas nicht in Ordnung ist und Tom vermutet einen Spion in seiner Gruppe.